Оказывается в sun jdk 1.6.0_11 есть бага, которая не позволяет комфортно работать в Intellij IDEA и RubyMine под Linux.
Чтобы избавиться от тормозов, вызванных этой багой, надо обновить java минимум до версии 1.6.0_12.
Но для быстрого решения проблемы можно добавить в файл idea.vmoptions или rubymine.vmoptions строчку:
-Dsun.java2d.pmoffscreen=false Надеюсь мой совет Вам поможет.